Данная запись подразумевает, что вы знаете, что такое Azure Resource Manager Templates
На момент написания данной записи официальная документация описывающая шаблон (ARM Template) для разворачивания Azure Front Door содержит в себе описание ресурса самого Front Door.

Ну, казалось бы, огонь, сейчас составим шаблон по документации и поднимем Front Door.
Делаем все как надо и, например, получили следующий ресурс:

Имеем стандартный домен на уровне .azurefd.net
и наш кастомный, заранее подвязанный к стандартному через CNAME в настройках DNS вашего соответствующего домена.
Все, вроде бы, отлично, но нам стало необходимо активировать HTTPS для нашего кастомного домена. Заходим в настройки домена и видим там, что данная опция отключена по-умолчанию:

Окей, мы можем включить ее вручную, но нам нужно сделать это автоматически при создании ресурса с помощью ARM. Пытаемся найти как это сделать в документации по ссылке выше и понимаем, что такого там нет, но мы то понимаем, что это должно быть возможно.
Export Template
Казалось бы, вот оно решение! Настраиваем опцию вручную, потом экспортируем шаблон, и смотрим каким образом включение этой опции реализовано в нем:


Вчитываемся в полученный шаблон и понимаем, что он полностью соответствует документации и в нем тоже нету ничего относящегося к HTTPS для кастомного домена.
Вот это поворот…
При этом настройки домена сохранились – следовательно должен быть способ ими управлять.
Azure Resource Explorer
resources.azure.com – инструмент, позволяющий увидеть все ваши ресурсы на Azure Portal в виде JSON документов.
Ищем в нем наш ресурс и находим JSON представление ARM шаблона для него:

Можно заметить, что наш ресурс (fd-alpha-us-west-shared3501) сожержит в себе еще какие-то ресурсы если нажать на знак ✚. Раскрываем вложенность по максимуму и видим отдельный ресурс, который определяет наш кастомный домен и его настройки, в том числе и настройку HTTPS:

Решение
Немного погуглив и поэкспериментировав я пришел к выводу, что можно настроить HTTPS для кастомного домена, добавив в наш начальный ARM шаблон дополнительный подресурс.
Тип подресурса – frontendEndpoints/customHttpsConfiguration
Имя – имя-frontendEndpoint + /default
Зависимость – от корневого ресурса
Свойства ресурса (properties) – все что поддерживается в REST API для данного ресурса
Пример кода
Код подресурса:
... "resources": [ { "type": "frontendEndpoints/customHttpsConfiguration", "apiVersion": "2020-07-01", "name": "[concat(variables('customFrontendEndpointName'), '/default')]", "dependsOn": [ "[variables('resource')]" ], "properties": { "certificateSource": "FrontDoor", "protocolType": "ServerNameIndication", "minimumTlsVersion": "1.2", "frontDoorCertificateSourceParameters": { "certificateType": "Dedicated", "certificateTypeAsEnum": "Dedicated" } } } ] ...
Пример использования в шаблоне:

На этом все!