Даже при сравнительно небольшом количестве открытых проектов в NetBeans, если начиналось сканирование проектов,  можно было все откладывать и идти пить кофе. Иногда можно было и не дождаться его окончания.

Проблема насущная и распространена среди любителей данный среды:

На мой взгляд, по запросу «netbeans сканирование проектов зависает», самым толковым и рабочим советом для меня было изменение конфигурации NetBeans в файле /etc/netbeans.conf (у меня под Win). Не смотря на то, что данный совет был опубликован достаточно давно, он оказался для меня рабочим и избавил от явного зависания системы из-за NetBeans.

Что делать?

Открываем файл /etc/netbeans.conf, который лежит в папке установки IDE. Добавляем в него следующее:

-J-client -J-Xms32m -J-Xmx384m -J-XX:PermSize=32m -J-XX:MaxPermSize=200m -J-Xverify:none 
-J-XX:CompileThreshold=100 -XX:+CompressedOOPS -XX:+AggressiveOpts -XX:+TieredCompilation 
-XX:+DoEscapeAnalysis -XX:+UseConcMarkSweepGC -J-XX:+CMSClassUnloadingEnabled -J-XX:+CMSPermGenSweepingEnabled

Умничать о том, что это значит и что оно сделает я не буду, так как просто понятия не имею 🙂 Но работает, по крайней мере в моем случае.